Yugi, un jeune garçon chétif et naïf réussit un jour à remonter le fameux Puzzle du Millénaire. A partir de ce moment-là le destin de Yugi va devenir celui d'un être hors du commun. Le Puzzle lui a donné d'incroyables pouvoirs et l'a doté d'un double impitoyable : Yami Yugi, "Le Maître des Jeux". Lorsque Maximillion Pegasus l'inventeur du jeu Magic and Wizards apprend la défaite de Seto Kaiba face à Yûgi, il décide de voler l'âme de Mûto Sugokoru, le Grand-Père de Yugi. Son but ? Contraindre Yugi à participer à un Tournoi de Duel de Monstres pour pouvoir s'emparer du Puzzle de Yûgi.