Au Japon, Kafka Tamura, un jeune Tokyoïte de quinze ans, s'enfuit de chez lui. Une nuit, il se réveille dans un bois couvert d'un sang qui n'est pas le sien. Il trouve refuge dans une bibliothèque. Parallèlement, un vieil homme simple d'esprit mais capable de deviser avec les chats, Nataka, rencontre un effroyable personnage. Obéissant à une force obscure, il se met à la recherche de Kafka.