Abe Portman, un enfant juif polonais, s'est autrefois réfugié pour échapper à la menace nazie dans un orphelinat d'une île du pays de Galles, dirigé par Miss Peregrine Faucon. Là-bas, il a côtoyé des enfants aux capacités surnaturelles censées les protéger des monstres. Aujourd'hui devenu vieillard, il raconte cette période à son petit-fils Jacob, âgé de 15 ans.