Inspiré de la chanson des Beatles, cet album raconte l'histoire de Pepperland, un paradis enchanté où résonnent rires et chansons jusqu'au jour où les Blue Meanies réduisent Pepperland au silence. Captain Fred réussit à s'enfuir à bord du sous-marin jaune, le Yellow Submarine. A Liverpool, il rencontre John, Paul, George et Ringo qui reviennent avec lui délivrer son pays.