C'est l'été. Mary vient d'emménager chez sa grand-tante dans le village de Manoir Rouge. Dans la forêt voisine, elle découvre une fleur mystérieuse qui ne fleurit qu'une fois tous les 7 ans. On l'appelle la "fleur de la sorcière". Pour une nuit seulement, grâce à la fleur, Mary possédera des pouvoirs magiques et pourra entrer à Endor, l'école la plus renommée dans le monde de la magie, qui s'élève au-dessus du ciel, au-delà des nuages. Le secret de la fleur de la sorcière se révélera à elle petit à petit.