Dans cette dernière saison, nos séminaristes s'apprêtent à affronter un monde qui va les mener bien loin de leurs certitudes. Guillaume est affecté dans une zone déshéritée où les croyants ont déserté leur église, Yann dans une petite communauté frappée par un drame effroyable, et José dans un quartier bourgeois qui affiche un bonheur de façade. Tous vont devoir lutter contre les évidences, les faux-semblants et les secrets pour être à la hauteur de l'idée qu'ils se font de leur vocation. Au même moment, Monseigneur Poileaux termine son mandat à la tête de l'église de France, et craint que tout son travail ne soit réduit à néant par son successeur. Quant au père Fromenger, il rentre de Chine pour tenter dans un ultime combat de changer le visage de l'Eglise.