A la suite d'un accident, Dave est contraint de confier ses chers Chipmunks à son cousin Toby, inadapté et feignant notoire. Ce dernier les inscrit au lycée, afin de profiter du bon temps. Alvin et ses frères vont donc connaître leur première rentrée : les joies de la cantine, du football américain ; et surtout l'inscription au concours du chant interlycée, que ces stars de la pop comptent bien remporter