Redevenu David Webb, professeur d'université à Washington, Jason Bourne voit son ami Dominic Specter kidnappé sous ses yeux. Il décide de reprendre du service et se lance sur les traces de la légion noire, ancien bataillon SS reconverti dans le terrorisme international. Mais les tueurs de la NSA sont à ses trousses, ainsi que Leonid Arkadine, un mercenaire redoutable au passé inquiétant...