Le titre énigmatique du film, 5 cm par seconde, renvoie à la vitesse à laquelle tombent les pétales de fleur de cerisier, un film empli de poésie et de sentiments contrariés par un des maîtres de l'animation de cette décennie. 5 cm par Seconde se compose de trois courts métrages ayant pour personnages principaux deux jeunes écoliers, Tohno Takaki et Akari Shinohara. D'une amitié de plus en plus forte, à un éloignement de plus en plus grand, le spectateur suit le passage du temps et l'évolution des liens entre une fille et un garçon.